Pejabat HEPA diterajui oleh En. Baharom bin Said selaku Pengarah Hal Ehwal Pelajar dan Alumni sejak tahun 2006. Sebelum beliau, jabatan ini telah mempunyai tiga orang mantan iaitu Dr. Ibrahim bin Hashim (1994 – 1998), Puan E. Suhartiningsih N. NotoSudoma (1998 – 2001) dan Allahyarham Tn.Hj.Zubir bin Abu Bakar (2001 – 2006). Allahyarham telah menamakan asrama KUIM dengan Rumsis iaitu Rumah Siswa atau Rumah Siswi dan mencipta lagu KUIM.
Pada awal penubuhan KUIM pada tahun 1994, rumsis KUIM bertempat di kawasan perumahan Taman Rembia, Alor Gajah dan di kawasan kampus KUIM di Tanjung Kling, Melaka. Setelah KUIM berpindah di Kuala Sg. Baru, rumsis hanya mempunyai dua blok rumsis. Kini, pertambahan bilangan mahasiswa rumsis KUIM mempunyai lapan blok dan rumsis luar kampus iaitu di Taman Sg. Baru Ilir, Kuala Sg. Baru, Melaka.
Bagi menjaga kebajikan pelajar, Pejabat HEPA telah berusaha menubuhkan Tabung Kebajikan Pelajar. Pada12 Mac 2008, Lembaga Hasil Dalam Negeri telah memberi kelulusan pelepasan cukai kepada semua penyumbang kepada tabung ini.
Melalui Tabung Kebajikan Pelajar, Pejabat HEPA juga telah mengadakan program makan malam amal bagi merealisasikan pembinaan Dataran Siswa untuk kemudahan pelajar beraktiviti. Pada 21 Disember 2013, makan malam ini telah berjaya dijalankan dengan jumlah dana terkumpul hampir RM 300,000.00.
Selain itu, Unit Pentadbiran HEPA juga mengendalikan program tahunan HEPA iaitu Majlis Malam Pra Graduasi, Majlis Watikah Perlantikan MPPKUIM, seminar–seminar peringkat negeri seperti Seminar Integriti, Seminar Menangani Masalah Sosial Remaja Islam dan lain-lain.
Pejabat HEPA sentiasa berusaha dalam memantapkan lagi bahagian ini dalam memberi perkhidmatan yang terbaik untuk pelajar khususnya dan masyarakat amnya.