Jawatankuasa Pelaksanaan Wakaf KUIM merupakan jawatankuasa kecil yang dilantik pada peringkat tenaga kerja KUIM yang terdiri daripada ahli-ahli yang diberi autoriti untuk menjalankan pungutan sumbangan wakaf tunai dan beberapa orang lagi dilantik yang difikirkan sesuai oleh pengerusi/pengarah wakaf KUIM untuk terlibat sama dalam gerak kerja pengurusan wakaf KUIM. Jawatankuasa ini akan bermesyuarat sekali pada setiap bulan atau lebih kerap pada bila-bila masa yang difikirkan sesuai mengikut keperluan. Jawatankuasa ini dipengerusikan oleh Pengarah Wakaf KUIM.